Gödel, Escher, Bach - ein Endloses Geflochtenes Band

3 schreibt vor, nach einem Purin rechts von unserem T Ausschau zu halten. Das ist das G an dritter Stelle von rechts. Während wir nun zu diesem G aufrücken, müssen wir „kopieren“, d. h. einen Komplementärstrang erzeugen. Und das ergibt:

    Der letzte Schritt besteht im Abschneiden des Strangs. Das ergibt zwei Stücke:

    und AT
    Das Anweisungspaket ist damit zu Ende. Wir haben jedoch nunmehr einen doppelten Strang. Wenn das eintritt, trennen wir die beiden komplementären Stränge voneinander (allgemeines Prinzip), und so ist unser Endergebnis eine Gruppe von drei Strängen:
    AT , CAAAGAGGA , und CAAAGAGAATCCTCTTTG .
    Man beachte, daß der auf dem Kopf stehende Strang auf die Beine gestellt wurde und daß damit rechts und links miteinander vertauscht wurden.
    Wir kennen nun die meisten typographischen Operationen, die auf Strängen ausgeführt werden können. Zwei weitere Anweisungen sind zu erwähnen. Die eine schaltet Kopiermodus ab, die andere verschiebt das Enzym von einem Strang zu dem über ihm auf dem Kopf stehenden Strang. Wenn das geschieht, muß man „rechts“ und „links“ in allen Anweisungen vertauschen, wenn man das Papier mit der richtigen Seite nach oben hält. Besser noch: man kann die Ausdrucksweise beibehalten und das Papier einfach herumdrehen, so daß der obere Strang gelesen werden kann. Wenn die Verschiebungs-Anweisung gegeben wird, es aber keine komplementäre Base gibt, an die das Enzym in dem Augenblick gebunden ist, dann löst sich das Enzym einfach von dem Strang, und seine Aufgabe ist erfüllt.
    Zu erwähnen ist noch, daß ein Abschneiden-Befehl für beide Stränge gilt (wenn zwei vorhanden sind); ein „Tilgungs“-Befehl jedoch bezieht sich nur auf den Strang, auf dem das Enzym operiert. Wenn der Kopiermodus an ist, dann gilt das Kommando „Einfügen“ für beide Stränge — die Base selbst in den Strang, auf dem das Enzym operiert, und ihr Gegenstück in den anderen Strang. Wenn der Kopiermodus aus ist, dann gilt das Kommando „Einfügen“ nur für einen Strang, und so muß eine Leerstelle in den komplementären Strang eingefügt werden.
    Und wenn der Kopiermodus an ist, verlangen die „Bewegungs“- und „Such"-Befehle, daß man vollständige Komplementärbasen zu allen Basen herstellt, die das gleitende Enzym berührt. Übrigens ist der Kopiermodus immer aus, wenn ein Enzym mit seiner Arbeit beginnt. Wenn der Kopiermodus aus ist und man auf den Befehl stößt: ,,Kopiermodus abstellen“, geschieht nichts. Gleichermaßen geschieht nichts, wenn der Kopiermodus bereits an ist und man auf den Befehl „Kopiermodus anstellen“ trifft.
Aminosäuren
    Es gibt 15 Arten von Befehlen gemäß folgender Liste:
abs
Stränge (oder Strang) abschneiden
til
eine Base vom Strang tilgen
ver
Enzyme auf einen anderen Strang verschieben
rür
eine Einheit nach rechts rücken
rül
eine Einheit nach links rücken
kop
Kopiermodus anstellen
aus
Kopiermodus abstellen
ina
A rechts von dieser Einheit einfügen
inc
C rechts von dieser Einheit einfügen
ing
G rechts von dieser Einheit einfügen
int
T rechts von dieser Einheit einfügen
pyr
suche das nächste Pyrimidin rechts
pur
suche das nächste Purin rechts
pyl
suche das nächste Pyrimidin links
pul
suche das nächste Purin links
    Jeder Befehl hat eine aus drei Buchstaben bestehende Abkürzung. Wir nennen diese Abkürzungen Aminosäuren. So besteht also jedes Enzym aus einer Folge von Aminosäuren. Schreiben wir eine beliebige Enzymfolge nieder:
    pur — inc — kop — rür — rül — ver — pul — int
    und einen beliebigen Strang:
    TAGATCCAGTCCATCGA
    und schauen wir uns an, wie die Enzyme auf den Strang einwirken. Es trifft sich so, daß das Enzym sich nur an G bindet. Binden wir es also an das mittlere G und beginnen wir. Suchen wir rechts ein Purin (d. h. A oder G ). Wir (bzw. unsere Enzyme) überspringen TCC und landen auf A . Fügen wir C ein. Dann haben wir:
TAGATCCAGTCCACTCGA
TAGATCCAGTCCA ↑
    Der Pfeil deutet auf die Einheit, an die das Enzym gebunden ist. Schalten wir den Kopiermodus an. Dadurch kommt ein umgekehrtes G über das C zu stehen. Nach rechts rücken, nach links rücken, dann Verschiebung auf den anderen Strang. Damit haben wir:

    Stellen wir das auf den Kopf, so daß das Enzym an den unteren Strang gebunden ist:

    Nun suchen wir links nach einem Purin und finden A. Der Kopiermodus ist an, aber die Komplementärbasen sind bereits vorhanden, es braucht also nichts hinzugefügt werden. Schließlich fügen wir ein T (in